弥生人

弥生人主要是公元前1000年左右从朝鲜而来，以小米和水稻农业为生计方式。弥生人在多大程度上代表了蒙古国、内蒙古以及俄罗斯远东地区的新石器时代祖先人群。但是，伴随着弥生农业文化的扩散，原始日本人群与青铜时代来自朝鲜半岛的移民发生了遗传混合，并促成了原始日语的形成。

弥生人是指弥生文化时代，又叫弥生时代的原始人，约在公元前300年－公元3世纪中叶，因代表该时期文化特征的陶器，最初发现于日本东京都文京区弥生町，所以称为弥生人。

日本弥生时代住屋，图为居住遗址复原

日本本土大和人大多是弥生人的后裔，但也有和绳文人的混合体。据估计，绳文人的祖先遗传常染色体dna少于12%。2019年日本国立科学博物馆研究团队最近的研究表明，日本人大多来自弥生人，弥生人基本上取代了当地的绳文人。对日本绳文人和现代日本样品的线粒体DNA分析表明，绳文人时代居民和现代日本人的线粒体DNA存在不连续性。这个发现暗示日本人的基因转换可能发生在古坟时代或古坟时代之前。可能是弥生时代的时候，原住民绳文人和弥生人发生了冲突，弥生人在武器各方面比绳文人还要先进，而绳文人还是处于石器时代，因此落后于弥生人。因此绳文人在这场冲突中失败，往北海道岛迁移。而到了古坟时代绳文人己经完全和弥生人融合形成大和民族了。

2012年11月1日，《朝日新闻》称日本国立遗传学研究所分析得出北海道阿伊努民族与冲绳人在遗传性特征上具有共同之处。虽然在本州和九州等地方，主要为绳文人和大陆来的弥生人的混血更多，但相隔较远的北海道和冲绳两个地区似乎留有较多绳文系的遗传特征。据称，在遗传基因上证实日本人为弥生人与绳文人混血而成的。

弥生人和绳文人的头盖骨

日本国立遗传学研究所分析得出北海道阿伊努民族与冲绳人在遗传性特征上具有共同之处。遗传学研究所和东京大学等在研究中注意到，DNA中单个碱基发生变异的SNP特征会因民族和地区而有所不同。已经比较日本本州等地243人，阿伊努民族36人，冲绳人35人，中国人（北京的汉族人）等约90万处的SNP。其中，阿伊努民族的DNA是30年前保存的。