DNA结合位点

DNA 结合位点是在 DNA 中发现的一种结合位点，其他分子可能会在此结合。 DNA 结合点不同于其他结合位点，因为 (1) 它们是 DNA 序列（例如基因组）的一部分，并且 (2) 它们被 DNA 结合蛋白结合。 DNA 结合点通常与称为转录因子的特殊蛋白质相关，因此与转录调控有关。  DNA 结合点还包括其他蛋白质的靶点，如限制酶、位点特异性重组酶（参见位点特异性重组）和甲基转移酶。

因此，DNA 结合点可以定义为由一种或多种 DNA 结合蛋白或蛋白质复合物特异性结合的短 DNA 序列。 据报道，一些结合位点有可能经历快速的进化变化。

DNA结合点可以根据其生物学功能进行分类。 因此，我们可以区分转录因子结合位点、限制性位点和重组位点。 一些作者提出，结合位点也可以根据它们最方便的表示方式进行分类。 一方面，限制位点通常可以由共有序列表示。 这是因为它们的目标大多是相同的序列，而对于不太相似的序列，限制效率会突然降低。 另一方面，给定转录因子的 DNA 结合点通常都是不同的，转录因子对不同结合位点的亲和力程度不同。 这使得很难使用共有序列准确表示转录因子结合位点，并且它们通常使用位置特定频率矩阵 (PSFM) 表示，通常使用序列标识以图形方式描述。 然而，这个论点在一定程度上是武断的。 限制性酶，如转录因子，对不同位点产生渐进但尖锐的亲和力范围，因此 PSFM 也是xxx的代表。 同样，位点特异性重组酶也显示出对不同目标位点的不同范围的亲和力。

从对噬菌体 lambda 的生物学和大肠杆菌 lac 操纵子的调节的实验中怀疑存在类似于 DNA 结合点的东西。 随着 DNA 测序技术的出现，DNA 结合点最终在两个系统中得到证实。 从那时起，许多转录因子、限制酶和位点特异性重组酶的 DNA 结合点已通过大量实验方法被发现。 从历史上看，发现和分析 DNA 结合点的首选实验技术是 DNAse 足迹分析和电泳迁移率变动分析 (EMSA)。 然而，DNA 微阵列和快速测序技术的发展催生了新的大规模并行体内结合位点鉴定方法。 为了量化蛋白质和其他分子与特定 DNA 结合点的结合亲和力，使用了生物物理学方法微尺度热泳。

由于用于确定结合位点的实验技术的多样性以及大多数生物体和转录因子的不完整覆盖，没有用于 DNA 结合点的中央数据库。 此外，由于生物信息学在产生有效的 DNA 结合点预测工具方面取得的成功有限，因此没有系统地努力在计算上注释这些特征 测序的基因组。

然而，有几个私人和公共数据库致力于汇编不同生物体中不同转录因子的实验报告，有时是计算预测的结合位点。

一组 DNA 结合点，通常称为 DNA 结合基序，可以用共有序列表示。 这种表示的优点是紧凑，但以忽略大量信息为代价。 表示结合位点的更准确方法是通过位置特定频率矩阵 (PSFM)。 这些矩阵提供了有关 DNA 结合基序每个位置每个碱基频率的信息。