核苷酸多样性

核聚酸多态性是分子遗传学中的一个概念，用来衡量种群内多态性的程度。

Nei 和 Li 于 1979 年首次引入了一种常用的核苷酸多样性测量方法。该测量方法定义为样本群体中所有可能对中两个 DNA 序列之间每个位点的平均核苷酸差异数，记为 π { displaystyle \pi } 。

其中 x i 和 x j分别是第 i 和 j  序列的频率， π i j  是第 i 和第 j 个序列之间每个核苷酸位点的核苷酸差异数，n 是 样本中的序列数。 总和前面的项保证了无偏估计量，它不依赖于您采样的序列数量。

核酸多种性是遗传变异的量度。 它通常与人口多样性的其他统计措施相关，并且类似于预期的杂合性。 该统计数据可用于监测生态种群内部或之间的多样性，检查作物和相关物种的遗传变异，或确定进化关系。

核聚酸多态性可以通过直接检查DNA序列来计算，或者可以从分子标记数据估计，例如随机扩增多态性DNA（RAPD）数据和扩增片段长度多态性（AFLP）数据。

• DnaSP — DNA 序列多态性，是一个软件包，用于根据比对的 DNA 序列数据分析核苷酸多态性。
• MEGA，分子进化遗传学分析，是一个软件包，用于估计分子进化速率，以及生成系统发育树和比对 DNA 序列。