什么是糖信息学
编辑糖信息学是生物信息学的一个领域,涉及到对参与蛋白质翻译后修饰的碳水化合物的研究。它广泛地包括(但不限于)数据库、软件和算法的开发,用于研究碳水化合物结构、糖结合物、酶法碳水化合物的合成和降解,以及碳水化合物的相互作用。该术语的传统用法目前并不包括从众所周知的营养方面对碳水化合物的处理。
需要考虑的问题
编辑尽管糖基化是最常见的蛋白质修饰形式,具有高度复杂的碳水化合物结构,但关于糖类的生物信息学研究仍然很薄弱。不像蛋白质和核酸是线性的,碳水化合物往往是支链的,而且极其复杂。例如,仅仅四种糖就可以串联成500多万种不同的碳水化合物,或者九种不同的糖可以组合成1500万种可能的四糖链。而且,组成糖类的单糖数量多于组成DNA或RNA的核苷酸数量。因此,评估它们的结构在计算上更加昂贵。
糖信息学的主要制约因素之一是难以用序列形式表示糖,特别是由于它们的分支性质。由于缺乏基因蓝图,碳水化合物没有一个固定的序列。相反,序列主要由各种酶的存在、它们的动力学差异和细胞的生物合成微环境的变化决定。这增加了分析的复杂性和感兴趣的碳水化合物结构的实验可重复性。正是由于这个原因,碳水化合物经常被认为是信息贫乏的分子。
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