生物医学调查本体论

生物医学调查本体论（OBI）是一个开放的、综合的本体论，用于描述生物和临床调查。OBI为调查的设计、使用的协议和仪器、使用的材料、产生的数据和对其进行的分析类型提供了一个模型。该项目是作为OBO基金会的一部分而开发的，因此遵守了其中的所有原则，如正交覆盖（即与其他基金会成员本体的明确划分）和使用共同的形式语言。在OBI中，使用的通用形式语言是网络本体语言（OWL）。截至2008年3月，该本体的预发布版本已在项目的SVN库中提供。

生物医学调查本体（OBI）解决了对受控词汇的需求，以支持实验数据的整合和联合（跨组学）分析，这一需求最初由FGED协会在转录组学领域确定，该协会开发了MGED本体作为微阵列数据的注释资源。SmithB,AshburnerM,RosseC,BardJ,BugW,CeustersW,等（2007年11月）。OBOFoundry：本体的协调演变以支持生物医学数据整合。自然-生物技术》。25(11):1251-5.doi:10.1038/nbt1346.PMC2814061.PMID17989687。OBI使用基本的形式本体上层本体作为描述不属于特定问题领域的一般实体的手段。因此，所有的OBI类都是一些BFO类的子类。本体的范围是对所有的生物医学调查进行建模，因此包含以下方面的本体术语。

仪器（和其中的部分仪器）--例如DNA微阵列、离心机信息内容--例如图像或数字信息实体，例如电子病历调查的设计和执行（以及其中的个别实验）--例如研究设计。电泳材料分离数据转换（包括数据规范化和数据分析等方面）--例如主成分分析降维、平均值计算本体中还涵盖了一些"具体"的方面，例如一个特定的实体在特定场景中可能发挥的作用（例如一个化学化合物在实验中的作用）和一个实体的功能（例如胃的消化功能对身体的营养）。

MGED本体论最初是由FGED协会在转录组学领域确定的，是为了解决数据整合的需要而开发的。在相互决定合作之后，这项工作后来成为FGED、PSI和MSI等团体之间更广泛的合作，以应对转录组学、蛋白质组学和代谢组学等领域的需求，FuGO（功能基因组学调查本体论）就这样产生了。这后来成为涵盖所有生物医学调查的更广泛范围的OBI。作为一个国际性的、跨领域的倡议，OBI联盟吸取了来自不同领域的专家，而不仅限于生物学。目前的OBI联盟成员名单可在OBI联盟的网站上找到。该联盟由一个协调委员会组成，该委员会由两个分组组成，即社区代表（代表一个特定的生物医学社区）和核心开发者（本体论开发者，可能是也可能不是任何一个社区的成员）。与协调委员会分开的是开发者工作组，该工作组由各社区内的开发者组成，由目前OBI联盟成员决定合作开发OBI。

BrinkmanRR,CourtotM,DeromD,FostelJM,HeY,LordP,etal.（2010年6月）。用OBI对生物医学实验过程进行建模。JournalofBiomedicalSemantics.1Suppl1:S7.doi:10.1186/2041-1480-1-S1-S7.PMC2903726.PMID20626927.CourtotM,BugWJ,GibsonF,ListerAL,MaloneJ,SchoberD,BrinkmanRR,RuttenbergA(1January2008).生物医学调查的OWL。第五届"猫头鹰"研讨会论文集：经验与方向》，第432页。

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