球囊菌门

球囊菌门（通常称为球菌门，因为它们只包括一个纲，球菌门）是真菌界目前公认的八个分支之一，大约有 230 种已描述的物种。 球囊菌门的成员与苔藓植物的菌体和维管植物的根形成丛枝菌根 (AMs)。 并非所有物种都被证明可以形成 AM，而一种 Geosiphon pyriformis 已知不会形成 AM。 相反，它与发菜蓝藻形成内生菌关联。 大多数证据表明，球囊菌门依赖于陆地植物（Geosiphon 中的念珠菌）获取碳和能量，但最近有间接证据表明某些物种可能能够独立存在。 丛枝菌根物种是陆生的并且广泛分布于世界各地的土壤中，在那里它们与大多数植物物种(＞80％)的根形成共生关系。 它们也可以在湿地中找到，包括盐沼，并与附生植物有关。

根据多基因系统发育分析，该分类群属于毛霉菌门。 目前球囊菌门的门名可能无效，亚门Glomeromycotina或Glomeromycetes纲更适合描述该分类单元。

球囊菌门通常具有同核细胞（偶尔有稀疏隔膜）菌丝体，通过菌丝尖端的胚芽发育进行无性繁殖，产生直径为 80–500 μm 的孢子 (Glomerospores)。 在某些情况下，复杂的孢子在末端球囊内形成。 最近表明，Glomus 物种包含 51 个编码减数分裂所需的所有工具的基因。 基于这些和相关的发现，有人提出 Glomus 物种可能有一个神秘的性周期。

AM 真菌的新定殖在很大程度上取决于土壤中存在的接种量。 尽管已显示预先存在的菌丝和受感染的根碎片已成功定殖宿主的根，但萌发的孢子被认为是新宿主建立的关键参与者。 孢子通常由真菌和植物穴居食草动物伙伴传播，但一些空气传播能力也是已知的。 研究表明，孢子萌发特定于特定的环境条件，例如适量的养分、温度或宿主可用性。 还观察到根系定植率与土壤中的孢子密度直接相关。 此外，新数据还表明，AM 真菌宿主植物也会分泌化学因子，吸引和促进发育中的孢子菌丝向根系生长。

球囊菌门定殖的必要组成部分包括宿主的细根系统、细胞内丛枝结构的适当发育以及成熟的外部真菌菌丝体。 定植是通过萌发的孢子菌丝与宿主根毛之间的相互作用或通过表皮根细胞之间附着孔的发育完成的。 该过程受专门的化学信号以及宿主和 AM 真菌的基因表达变化的调节。 细胞内菌丝向上延伸至根的皮质细胞并穿透细胞壁，但不穿透细胞内膜，从而产生内陷。 穿透性菌丝形成高度分枝的结构，称为丛枝，在被宿主的根细胞降解和吸收之前具有低功能期。 完全发育的丛枝菌根结构促进了宿主和共生真菌伙伴之间营养物质的双向运动。 共生关系使寄主植物能够更好地应对环境胁迫，非光合真菌也能获得光合作用产生的碳水化合物。

球囊菌门的初步研究是基于在植物根部或附近发现的土壤传播的子实体（孢子簇）的形态。 区分特征，如壁形态、大小、形状、颜色、菌丝附着和对染色化合物的反应，可以构建系统发育。 表面上的相似性导致 Glomus 属最初被归入不相关的内球菌科。

在更广泛的审查消除了子实体的混淆之后，球囊菌门首先在 Acaulospora 和 Gigaspora 属中被提出，然后被归入球囊菌科（Glomeraceae）（现在的球囊菌科）、球孢菌科和 Gigasporaceae 三个科。

随着分子技术的出现，这种分类经历了重大修订。 对小亚基 (SSU) rRNA 序列的分析表明它们与 Dikarya 有共同的祖先。 现在普遍认为球囊菌门由4个阶组成。

古孢菌目

副球目

产生球状孢子（即类似于 Glomus 的孢子）的几个物种实际上属于其他深度分歧的谱系，并被置于目中。