系统生物学标记语言

系统生物学标记语言（系统生物标记语言）是一种基于 XML 的表示格式，用于通信和存储生物过程的计算模型。 它是一个免费和开放的标准，具有广泛的软件支持和一个用户和开发人员社区。 系统生物标记语言可以代表许多不同类别的生物现象，包括代谢网络、细胞信号通路、调节网络、传染病等等。 它已被提议作为当今系统生物学中表示计算模型的标准。

1999 年底到 2000 年初，在日本科学技术公司 (JST) 的资助下，Hiroaki Kitano 和 John C. Doyle 组建了一个研究小组，致力于为系统生物学中的计算建模开发更好的软件基础设施。 Hamid Bolouri 是开发团队的领导者，该团队由 Andrew Finney、Herbert Sauro 和 Michael Hucka 组成。 Bolouri 确定需要一个框架来实现 1990 年代后期存在的不同生物学模拟软件系统之间的互操作性和共享，他于 1999 年 12 月在加州理工学院组织了一个非正式研讨会来讨论这个问题。 参加该研讨会的有负责开发 DBSolve、E-Cell、Gepasi、Jarnac、StochSim 和 The Virtual Cell 的小组。 另外，早在 1999 年，这些小组的一些成员还在 BioThermoKinetics (BTK) 小组讨论了为代谢网络模型创建可移植文件格式的问题。 2000 年 4 月 28 日至 29 日，参加xxx届加州理工学院研讨会的相同小组在新创建的名为系统生物学软件平台研讨会的会议系列的xxx场会议上再次会面。 在第二次研讨会期间，很明显需要一种通用模型表示格式来支持软件工具之间的模型交换，作为任何功能性互操作性框架的一部分，研讨会与会者决定该格式应以 XML 编码。

加州理工学院 ERATO 团队为这种基于 XML 的格式制定了一个提案，并在 2000 年 8 月向第二届系统生物学软件平台研讨会的与会者分发了定义草案。该草案在邮件列表和第二届软件研讨会期间进行了广泛的讨论 系统生物学平台，于 2000 年 11 月在日本东京举行，作为 ICSB 2000 会议的卫星研讨会。 经过进一步的修改、讨论和软件实施，加州理工学院团队于 2001 年 3 月发布了系统生物标记语言 Level 1，Version 1 规范。

系统生物标记语言 Level 2 于 2002 年 7 月在英国赫特福德郡大学举行的第 5 届系统生物学软件平台研讨会上构想出来。 到这个时候，参与的人数远远超过系统生物标记语言最初的合作者群体，系统生物标记语言的持续发展成为一个更大的社区努力，许多新工具得到增强以支持系统生物标记语言 . 2002 年的研讨会参与者集体决定在 Level 2 中修改系统生物标记语言的形式。Level 2 Version 1 规范的初稿于 2002 年 8 月发布，最终的功能集于 2003 年 5 月在 第七届系统生物学软件平台研讨会在英国金融时报。 佛罗里达州劳德代尔。

系统生物标记语言的下一次迭代花了两年时间，部分原因是软件开发人员需要时间来吸收和理解更大、更复杂的系统生物标记语言 Level 2。不可避免地发现限制和错误导致系统生物的开发 学标记语言 Level 2 Version 2，发布于 2006 年 9 月。此时，系统生物学标记语言编辑团队（协调变更建议并编写连贯的最终规范文档）已经发生变化，现在由 Andrew Finney、Michael Hucka 和 Nicolas Le Novère。

系统生物学标记语言 Level 2 Version 3 在系统生物学标记语言社区的无数贡献和讨论后于 2007 年出版。 2007 年还选举了两名系统生物标记语言编辑，作为在系统生物标记语言发展过程中引入现代系统生物标记语言编辑组织的一部分。

系统生物学标记语言 Level 2 Version 4 在大众需求要求对 Level 2 进行某些更改后于 2008 年发布。 （例如，系统生物标记语言社区在 2007 年底进行的电子投票表明，在系统生物标记语言模型被认为有效之前，大多数人倾向于不要求严格的单位一致性。）版本 4 在系统生物学之后最终确定 标记语言 论坛会议于 2008 年秋季在瑞典哥德堡举行，作为 ICSB 2008 的卫星研讨会。

系统生物学标记语言 Level 3 Version 1 Core 经过系统生物标记语言编辑和系统生物标记语言社区的长期讨论和修订，于 2010 年以最终形式发布。 它包含从 Level 2 Version 4 语法和构造上的许多重大变化，但也代表了持续扩展的新模块化基础。