国际人类基因组单体型图计划

国际人类基因组单体型图计划是一个旨在开发人类基因组单倍型图谱（HapMap）的组织，以描述人类遗传变异的共同模式。 HapMap 用于发现影响健康、疾病以及对药物和环境因素的反应的遗传变异。 该项目产生的信息可免费用于研究。

国际人因组单体型计划是加拿大、中国（包括香港）、日本、尼日利亚、英国和美国的学术中心、非营利性生物医学研究团体和私营公司的研究人员之间的合作。 它于2002年10月27日至29日召开会议正式启动，预计历时三年左右。 它包括两个阶段； xxx阶段获得的完整数据于 2005 年 10 月 27 日发布。第二阶段数据集的分析于 2007 年 10 月发布。第三阶段数据集于 2009 年春季发布，展示最终结果的出版物于 2010 年 9 月发布。

与罕见的孟德尔疾病不同，不同基因和环境的组合在常见疾病（如糖尿病、癌症、心脏病、中风、抑郁症和哮喘）的发生和发展中发挥作用，或在个体对药物的反应中发挥作用 代理商。 为了找到与这些疾病有关的遗传因素，原则上可以进行全基因组关联研究：获得几个个体的完整基因序列，一些患有疾病，一些没有，然后寻找两组基因组之间的差异 . 当时，由于全基因组测序的成本，这种方法不可行。 HapMap 项目提出了一条捷径。

尽管任何两个不相关的人共享大约 99.5% 的 DNA 序列，但他们的基因组在特定核苷酸位置不同。 此类位点称为单核苷酸多态性 (SNP)，每种可能产生的基因形式称为等位基因。 HapMap 项目只关注常见的 SNP，即每个等位基因至少在 1% 的人群中出现的 SNP。

除了男性的性染色体外，每个人都有所有染色体的两个副本。 对于每个 SNP，一个人拥有的等位基因组合称为基因型。 基因分型是指揭示一个人在特定地点的基因型。 HapMap 项目选择了 269 个个体的样本，并选择了数百万个定义明确的 SNP，对这些 SNP 的个体进行基因分型，并公布了结果。

单个染色体上附近 SNP 的等位基因是相关的。 具体来说，如果给定个体的一个 SNP 的等位基因已知，则通常可以预测附近 SNP 的等位基因，这一过程称为基因型插补。 这是因为每个 SNP 在进化史上都是作为一个单点突变出现的，然后在被其他更早的点突变包围的染色体上传递下去。 在染色体上相距很远的 SNP 通常没有很好的相关性，因为重组发生在每一代中并且混合了两条染色体的等位基因序列。 特定染色体上的连续等位基因序列称为单倍型。

要找到与特定疾病有关的遗传因素，可以按以下步骤进行。 首先确定基因组中某个感兴趣的区域，可能来自早期的遗传研究。 在该区域中，我们从 HapMap 数据中定位了一组标签 SNP； 这些是与该地区所有其他 SNP 密切相关的 SNP。 使用这些，基因型插补可用于确定（插补）其他 SNP，从而以高置信度确定整个单倍型。 接下来，确定几个个体中这些标签 SNP 的基因型，其中一些患有疾病，一些没有。

通过比较两组，可以确定与疾病有关的可能位置和单倍型。

单倍型通常在人群之间共享，但它们的频率可能相差很大。 选择了四个人群纳入 HapMap：来自尼日利亚伊巴丹 (YRI) 的 30 名成年和父母双方的约鲁巴三人组、30 名北欧和西欧血统的犹他州居民三人组 (CEU)、44 名来自东京的无关日本人、 日本 (JPT) 和来自中国北京 (CHB) 的 45 名无关的汉族人。 虽然从这些人群中揭示的单倍型应该对研究许多其他人群有用，但平行研究目前正在检查在项目中包括额外人群的有用性。

所有样本都是在获得适当知情同意的情况下通过社区参与过程收集的。 社区参与过程旨在确定并尝试回应特定文化的问题，并让参与社区参与知情同意和样本收集过程。