核糖核酸测序

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核糖核酸测序,描述了基于高通量方法(下一代测序)确定RNA的核苷酸序列。 为此,将 RNA 翻译成 cDNA,以便可以使用 DNA 测序方法。 核糖核酸检测程序揭示了有关基因表达的信息,例如基因的不同等位基因是如何表达的,并能够检测转录后修饰,以及鉴定融合基因。 核糖核酸检测程序是一种现代的基于序列的方法,基于下一代测序。 核糖核酸测量程序与其他方法相比具有明显的优势。 核糖核酸序列有助...

核糖核酸测序

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核糖核酸测序,描述了基于高通量方法(下一代测序)确定RNA的核苷酸序列。 为此,将 RNA 翻译成 cDNA,以便可以使用 DNA 测序方法。 核糖核酸检测程序揭示了有关基因表达的信息,例如基因的不同等位基因是如何表达的,并能够检测转录后修饰,以及鉴定融合基因。

核糖核酸检测程序是一种现代的基于序列的方法,基于下一代测序。 核糖核酸测量程序与其他方法相比具有明显的优势。 核糖核酸序列有助于探索复杂的转录组,并阐明哪些外显子在信使 RNA 中聚集在一起。 技术生物复制中的低背景噪音、更高的分辨率和高复制率是核糖核酸测试程序的明显优势。

生物学背景

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细胞仅使用其基因的一部分。 这些包括管家基因和特化细胞的基因。 例如,肌肉细胞具有机械特性,而朗格汉斯岛的 β 细胞产生胰岛素。 所有这些细胞都具有相同的基因,但基因表达不同。 基因表达是从 DNA 合成蛋白质。 基因表达分析,也称为转录组分析,测量哪些基因被打开或关闭。 当一个基因被打开时,该基因的一部分被翻译成 mRNA。 基因表达分析的方法,例如核糖核酸测量程序,测量不同实验条件下的mRNA浓度。 因此,基因表达分析遵循以下问题:在细胞的不同发育阶段,在健康或患病状态下,mRNA 浓度如何因药物而表现。

通过核糖核酸测试程序uenz,可以更好地理解可变剪接和融合基因的机制。 可变剪接是前体 RNA 转化为不同 mRNA 并因此也转化为不同蛋白质的过程。 融合基因是两个先前分离的基因的杂交基因,结合在一个基因中。融合基因通过易位、间质缺失或染色体倒位产生。

工作流程

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样品制备

大多数人对 mRNA 感兴趣,它是蛋白质的蓝图。 然而,90% 的细胞 RNA 由 rRNA 组成。 为了将 mRNA 与 rRNA 分离,有标准化的 RNA 纯化方法,即所谓的“核糖体去除试剂盒”。 对于以后的测序,有必要将 mRNA 片段化,因为测序技术只有特定的读取长度。 片段化可以发生在转化为 cDNA 之前(RNA 片段化)和之后(cDNA 片段化)。 cDNA 片段化在 5' 端提供更好的结果,但在 RNA 片段化表现更好的转录本中间质量很差。

在准备样品时,您必须权衡是否考虑了阅读方向,即链特定信息。 这样,可以排除源自 aRNA 的人工制品。 然而,这是非常费时费力的步骤。 通过与互补的 mRNA 碱基配对,aRNA 抑制其在细胞中的翻译并影响单个基因的基因表达。

测序

现在有许多高通量方法可以将单个核苷酸掺入DNA转化为电信号。 其中许多方法在实现上有所不同。

核糖核酸测序

和排序

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读取映射

核糖核酸测量程序数据分析中xxx的挑战可能是将读取片段(reads)分配给参考基因组。 这对于单次读取来说似乎微不足道,但对于数百万次读取,已建立比对方法,例如 B. BLAST 43 小时将 1000 万个 32 bp 读数映射到参考基因组。 因此,有必要为读取映射设计新的算法。

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词条目录
  1. 核糖核酸测序
  2. 生物学背景
  3. 工作流程
  4. 样品制备
  5. 测序
  6. 和排序
  7. 读取映射

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