模糊复合物

模糊复合物是蛋白质复合物，其中存在结构模糊性或多重性，是生物功能所必需的。构象模糊区域的改变、截断或去除会影响相应复合物的活性。模糊的复合体一般由本质上无序的蛋白质形成。结构上的多重性通常是蛋白质复合物功能上的多重性的基础，遵循模糊的逻辑。核糖体的不同结合模式也被认为是模糊性的一个特殊情况。

近50年来，分子生物学基于两个教条：（i）将蛋白质的生物功能等同于独特的三维结构；（ii）假设蛋白质复合物具有精致的特异性。特异性/选择性是由蛋白质与其配体（另一种蛋白质、DNA、RNA或小分子）之间形成的一套毫不含糊的相互作用来保证的。然而，许多蛋白质复合物包含功能上重要/关键的区域，这些区域在复合物中保持高度动态或采取不同的构象。这种现象被定义为模糊性。最相关的例子是细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂Sic1，它以磷酸化依赖的方式与Cdc4的SCF亚单位结合。磷酸化后没有获得规则的二级结构，不同的磷酸化位点在复合物中互换。

蛋白质复合物的结构模糊性涵盖了一个广泛的范围。在多态复合物中，蛋白质与同一伙伴结合时采取两种或更多不同的构象，这些构象可以被解决。夹层、侧翼和随机复合体是动态的，其中模糊的构象相互交换，无法解决。模糊复合体中的相互作用通常是由短的动机介导的。只要氨基酸组成保持不变，侧翼区域就能容忍序列的变化，例如在连接组蛋白C端域和H4组蛋白N端域的情况下。

模糊区域通过瞬时的相互作用调控结合界面的构象平衡或灵活性。动态区域也可以与结合点竞争或将其拴在目标上。通过进一步的相互作用，或翻译后的修饰，模糊区域的修饰会影响结合亲和力或特异性。替代剪接可以调节模糊区的长度，从而导致复合物上的背景依赖性结合（如组织特异性）。