糖类命名法

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糖类命名法是对糖类的系统命名,糖类是所有生物体制造的基于碳水化合物的聚合物。一般来说,糖类可以用以下方式表示。(i)文本格式。这些包括常用的CarbBank、IUPAC名称和其他几种类型;(ii)符号格式。这些包括糖类的符号命名法和牛津记号。 在十九世纪初,糖分子的名称是根据它们的来源确定的。例如,葡萄糖被称为葡萄糖(Traubenzucker),蔗糖被称为甘蔗糖(Rohrzucker)。1838...

糖类命名法

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糖类命名法是对糖类的系统命名,糖类是所有生物体制造的基于碳水化合物聚合物。一般来说,糖类可以用以下方式表示。(i)文本格式。这些包括常用的CarbBank、IUPAC名称和其他几种类型;(ii)符号格式。这些包括糖类的符号命名法和牛津记号。

糖类命名法的历史

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在十九世纪初,糖分子的名称是根据它们的来源确定的。例如,葡萄糖被称为葡萄糖(Traubenzucker),蔗糖被称为甘蔗糖(Rohrzucker)。1838年,葡萄糖的名字被创造出来;随后在1866年,Kekulé提出了"葡萄糖"的名字,因为葡萄糖是右旋糖。科学界决定,糖类应该用结尾"-ose"来命名,然后与法语中代表细胞的"cellule"相结合,形成了纤维素这个术语。由于单糖的经验成分可以表示为Cn(H2O)n,它们被称为"碳水化合物"(法语"hydratedecarbone")。

文本格式

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为了更准确地表达聚糖的结构信息并达到社区的特定目的,我们设计了几种独特的格式,并在不同研究小组和组织开发的不同碳水化合物数据库中使用。

CarbBank

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CarbBank格式最初来自CarbBank,一个复杂碳水化合物结构数据库(CCSD)的数据库管理系统。CarbBank是由乔治亚大学复杂碳水化合物研究中心(CCRC)的研究人员创建的。

IUPAC

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IUPAC是国际纯粹与应用化学联盟,他们提出了一个代表复杂碳水化合物的命名法,称为2-Carb。IUPAC的命名法提供了三种形式来表示糖类。扩展形式。在这种形式下,一个单糖单位用一个给定的符号表示,在异构体描述符和构型符号之后。一个斜体字母用来表示环的大小,例如f代表呋喃糖,p代表吡喃糖。符号之间的括号用于提供连接的位置,双头箭头用于显示两个异构体位置之间的连接。浓缩形式。这种格式取消了构型符号和表示环的大小的字母。一般来说,构型是D(除了岩藻糖和衣康酸一般是L构型),环是吡喃糖形式(除非明确提到是其他形式)。圆括号是用来写异构体描述符和定位符的。简短形式。

糖类命名法

通常希望通过取消异构碳原子的位置词、连接位置词周围的括号和连字符,来缩短符号。此外,借助适当的括号(包括小括号和方括号),可以在同一行中显示分支。LINCUS用于独特描述碳水化合物序列的线性符号(LINCUS)是Glycosciences.de中使用的一种格式。这种格式的目标是描述独特的糖类结构。

GlycoCT

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GlycoCT是在EuroCarbDB项目下设计和开发的格式。这种格式使用连接表的方法来描述碳水化合物序列数据的全部复杂性。它通过数据库GlycomeDB被生物信息学界广泛使用。

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词条目录
  1. 糖类命名法
  2. 糖类命名法的历史
  3. 文本格式
  4. CarbBank
  5. IUPAC
  6. GlycoCT

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